PeptideShaker pour Mac

PeptideShaker est une plateforme indépendante des moteurs de recherche pour l'interprétation des résultats d'identification en protéomique provenant de plusieurs moteurs de recherche, prenant actuellement en charge X!Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot, Andromeda et mzIdentML. En combinant les résultats de plusieurs moteurs de recherche, tout en recalculant les scores de localisation des PTM et en refaisant l'inférence protéique, PeptideShaker tente de vous donner la meilleure compréhension possible de vos données en protéomique !

PeptideShaker prend actuellement en charge neuf tâches d'analyse différentes :

• Aperçu : obtenez un aperçu simple mais détaillé de toutes les protéines, peptides et PSM dans votre ensemble de données.
• Identifiants de spectre : comparez les performances des moteurs de recherche et voyez comment les résultats des moteurs de recherche sont combinés.
• Fractions : inspectez de quelles fractions les protéines et peptides sont susceptibles de provenir.
• Modifications : obtenez une vue détaillée des modifications post-traductionnelles dans l'ensemble de données.
• Structure 3D : mappez les peptides et modifications détectés sur les structures PDB correspondantes.
• Enrichissement GO : effectuez un enrichissement GO et trouvez des termes GO enrichis dans votre ensemble de données.
• Validation : inspectez et affinez le processus de validation.
• Graphiques QC : examinez la qualité des résultats avec des graphiques de contrôle de qualité.
• Reshake PRIDE : ré-analysez les ensembles de données publics dans PRIDE comme s'ils étaient les vôtres.

Toutes les données peuvent également être facilement exportées pour une analyse ultérieure dans d'autres outils.