PeptideShaker para Mac

PeptideShaker es una plataforma independiente del motor de búsqueda para la interpretación de resultados de identificación de proteómica de múltiples motores de búsqueda, actualmente soportando X!Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot, Andromeda y mzIdentML. Al combinar los resultados de múltiples motores de búsqueda, mientras recalcula las puntuaciones de localización de PTM y rehace la inferencia de proteínas, PeptideShaker intenta darte la mejor comprensión posible de tus datos de proteómica!

PeptideShaker actualmente soporta nueve tareas de análisis diferentes:

• Resumen: obtén un resumen simple pero detallado de todas las proteínas, péptidos y PSM en tu conjunto de datos.
• IDs de espectro: compara el rendimiento del motor de búsqueda y ve cómo se combinan los resultados del motor de búsqueda.
• Fracciones: inspecciona de qué fracciones es probable que provengan las proteínas y péptidos.
• Modificaciones: obtén una vista detallada de las modificaciones post-traduccionales en el conjunto de datos.
• Estructura 3D: mapea los péptidos y modificaciones detectados en las estructuras PDB correspondientes.
• Enriquecimiento GO: realiza enriquecimiento GO y encuentra términos GO enriquecidos en tu conjunto de datos.
• Validación: inspecciona y ajusta el proceso de validación.
• Gráficos de QC: examina la calidad de los resultados con gráficos de control de calidad.
• Reanálisis PRIDE: reanaliza conjuntos de datos públicos en PRIDE como si fueran tuyos.

Todos los datos también se pueden exportar fácilmente para análisis posteriores en otras herramientas.