PeptideShaker für Mac

PeptideShaker ist eine suchmaschinenunabhängige Plattform zur Interpretation von Proteomik-Identifikationsergebnissen aus mehreren Suchmaschinen, die derzeit X!Tandem, MS-GF+, MS Amanda, OMSSA, MyriMatch, Comet, Tide, Mascot, Andromeda und mzIdentML unterstützt. Durch die Kombination der Ergebnisse aus mehreren Suchmaschinen, während die PTM-Lokalisierungsscores neu berechnet und die Proteininferenz wiederholt wird, versucht PeptideShaker, Ihnen das bestmögliche Verständnis Ihrer Proteomikdaten zu geben!

PeptideShaker unterstützt derzeit neun verschiedene Analyseaufgaben:

• Übersicht: erhalten Sie eine einfache, aber detaillierte Übersicht über alle Proteine, Peptide und PSMs in Ihrem Datensatz.
• Spektrum-IDs: vergleichen Sie die Leistung der Suchmaschine und sehen Sie, wie die Ergebnisse der Suchmaschine kombiniert werden.
• Fraktionen: untersuchen Sie, aus welchen Fraktionen Proteine und Peptide wahrscheinlich stammen.
• Modifikationen: erhalten Sie eine detaillierte Ansicht der posttranslationalen Modifikationen im Datensatz.
• 3D-Struktur: kartieren Sie die erkannten Peptide und Modifikationen auf die entsprechenden PDB-Strukturen.
• GO-Anreicherung: führen Sie eine GO-Anreicherung durch und finden Sie angereicherte GO-Begriffe in Ihrem Datensatz.
• Validierung: untersuchen und optimieren Sie den Validierungsprozess.
• QC-Diagramme: überprüfen Sie die Qualität der Ergebnisse mit Qualitätskontrolldiagrammen.
• Reshake PRIDE: analysieren Sie öffentliche Datensätze in PRIDE neu, als wären sie Ihre eigenen.

Alle Daten können auch leicht für die Nachanalyse in anderen Tools exportiert werden.